内设机构：

　　（一）人秘科。
协调处理政务和机关日常工作；做好重要会议的组织和会议决定事项的督办工作；负责机关、直属事业单位和乡镇街区畜牧兽医站的人事、劳资和档案管理工作；负责文秘、保密、信访、信息、督查、行政复议、四防安全、车辆管理和接待等工作；负责全系统离退休干部的管理服务工作；监督管理直属事业单位编制及经费核定工作；负责直属单位财务审计、监督及国有资产管理工作；负责管理牧业专项资金。
（二）牧业发展科。
研究制订全市牧业发展规划和年度计划并组织实施；组织实施地方牧业行业标准和技术规范；监督、检查牧业行业国家标准执行情况；对牧业发展中资源配置、结构布局及宏观调控等重大问题进行调研、规划并提出政策建议；对全市牧业发展和产业化建设及重大项目进行管理；对全市种畜禽生产经营许可证进行审批、发放和管理；对牧业科研和技术推广项目进行审核和申报；负责牧业技术培训和牧业经济、技术信息的统计工作；负责牧业三级服务体系及专业合作经济组织的建设和管理工作；指导、协调牧业行业协会和学会开展工作。贯彻执行保护草原方面的法律法规；对草种的生产、经营进行管理；负责草籽经营许可证的审核发放和管理工作；负责蛟河市草原防火指挥部办公室日常工作。
（三）医政药政科。
贯彻执行动物防疫、兽医药政和饲料等方面有关法律法规；研究制订全市动物防疫、兽医卫生、兽药和饲料行业等方面规划和计划并组织实施；负责动物防疫合格证、动物诊疗许可证、兽药经营许可证的审批、发放和管理工作；对动物及动物产品进行兽药残留监控和质量安全监督管理；对兽医医政、兽药药政和药检及兽医从业人员进行管理；监督检查兽医、兽药标准执行情况；依法监督动物和动物产品的防疫、检疫工作；负责动物疫情管理，组织指导预防和扑灭动物疫病及人畜共患病；负责动物防疫条件的审核管理工作；负责蛟河市防治动物重大疫病指挥部办公室日常工作；负责饲料行业重大示范项目的管理和饲料工业的统计工作；组织实施饲料资源开发利用及饲料行业产品的质量检测、监督工作。

下属机构：　　动物卫生监督所（动物检疫站）
对有关单位和个人遵守与执行《动物防疫法》及其配套法规、规章的情况，实施监督检查和管理；负责对动物饲养场、屠宰厂、肉类联合加工厂及其他定点屠宰场（点）等单位从事生产、经营活动是否符合规定的动物防疫条件进行审查和监督管理；依法对动物防疫工作进行监督；对动物、动物产品运输依法进行监督检查；负责动物防疫证、章、标志的审核、发放和管理；负责动物、动物产品防疫质量的技术监测、监督；对动物屠宰实施监督；办理国内异地引进种用动物及其精液、胚胎、种蛋的检疫审批手续；依法纠正、处理动物防疫违法行为；决定和实施动物防疫行政处罚。
动物疫病预防控制中心
负责拟定动物疫病预防控制规划、措施和技术方案；组织实施动物免疫和重大动物疫情的扑灭工作；负责动物疫病实验室诊断、疫病监测、疫情监测和免疫监测；负责组织动物流行病学调查，动物疫情收集统计、分析评价、预警预报和报告；负责动物疫病防治技术指导、技术培训、科普宣传；承担兽医行业职业技能鉴定工作。
畜牧总站（畜禽产品质量安全中心）
负责拟定畜禽繁殖改良中长期规划和年度计划，并组织实施；负责种畜禽质量监测，协助规范种畜禽生产经营秩序；负责优良畜禽品种的技术推广、繁殖改良站（点）的业务指导和人员培训；负责制定畜禽生产规范和标准，并组织实施；负责畜禽饲养环境测评；负责畜禽产品质量安全检测与监督；负责组织本辖区内无公害畜禽产品产地认定和标准化生产技术推广工作；承担畜牧行业职业技能鉴定工作。
兽医兽药饲料监督所
负责对全市兽医诊疗机构和从业人员的从业条件进行审核验收，并对其进行监督管理。负责全市生产、经营、使用兽药饲料质量检测工作；负责对全市兽药饲料生产、经营企业的兽药饲料检验机构或人员的资格进行审查和业务培训；负责对畜禽产品中兽药残留的监测工作；对兽用精麻药品进行监控；协助畜牧兽医行政管理部门对兽药饲料生产、经营、使用环节进行监督管理等。
草原工作站（草原监理中心）
依法承担全市草原保护的执法工作；负责查处破坏草原案件；负责对草原监理工作的指导、协调；负责草原法律、法规的宣传和全市草原监理系统人员的培训。协助有关部门协调和处理草原、草场所有权、使用权争议。
乡镇街（区）畜牧兽医站
负责实施动物免疫注射、疫情普查、疫情报告，协助市动物卫生监督机构实施产地检疫和兽药管理使用等兽医工作；负责实施动物繁殖改良、技术推广、饲料、草原管理等公益性工作。